La Gloriosa década del 1990

En junio de 1989, de la mano del Beto Alonso, Reinaldo Merlo asumió la dirección técnica, y con un equipo donde militaban Comizzo, Fabián Basualdo, Jorge Higuaín, Gordillo, Sergio Batista, Ramón Centurión y Gabriel Batistuta alcanzó el segundo puesto al terminar la primera ronda del campeonato 89/90. Con la derrota de la lista oficialista de Osvaldo Di Carlo y la asunción de Alfredo Davicce a la presidencia del club Merlo decide renunciar; su lugar fue ocupado por Passarella, quien con la base de Merlo más jugadores como Ramón Medina Bello, Héctor Enrique,Rubén Da Silva, Hernán Díaz y los juveniles Leonardo Astrada, Gustavo Zapata y Juan José Borrelli obtiene un nuevo campeonato nacional, y alcanza las semifinales de la Libertadores 1990, siendo eliminado por penales ante el Barcelona de Guayaquil. La segunda mitad de 1990 lo vio pelear el torneo ante el Newell's Old Boys de Marcelo Bielsa, River cayó en la última fecha en el Monumental ante Vélez, el día del retiro deFillol, quien se despidió con una actuación soberbia impidiendo una nueva consagración millonaria.

En 1991 comenzaría una nueva racha negativa ante Boca, varios partidos seguidos sin victorias que incluyeron una derrota 4-3 tras ir ganando 3-1 en la Bombonera por la Libertadores de ese año, en la cual River no pudo superar la primera ronda (luego de un sospechado empate de Boca como local, que habría ido a menos contra un conjunto boliviano). La segunda parte del año trajo el regreso de Ramón Díaz, proveniente del Mónaco francés. En el inicio del torneo Apertura River logró nueve victorias consecutivas, comienzo récord para el fútbol argentino. Sin embargo River no podría obtener el título de forma invicta. En el plano internacional, Cruzeiro volvió a ser el verdugo en otra final, esta vez por la Supercopa.

1993 fue el año de la partida de Ramón Díaz al Yokohama Marinos japonés. Con varios jugadores provenientes de sus divisiones inferiores, como Ariel Ortega, Marcelo Gallardo y Hernán Crespo, junto a Sergio Goycochea, Fernando Gamboa y Sergio Berti, River obtuvo nuevamente el Campeonato Apertura. En 1994, luego de la vuelta de Francescoli y con las adquisiciones de Roberto Ayala y Germán Burgos (ambos provenientes de Ferro), y con la dirección técnica de Américo Gallego, River ganó el Apertura de manera invicta (la única vez en su historial), con doce triunfos y siete empates. Se aseguró la conquista del título al derrotar a su rival de siempre en La Bombonera por 3-0, con goles de Francescoli, Ortega y Gallardo.